子宫内膜异位症对原位子宫内膜的影响临床医师很少关注，子宫内膜异位症不但可以引起卵巢功能受损，而且会导致排卵障碍，最终会影响正常子宫内膜，因为它是一种激素反应性疾病。慢性排卵障碍导致的高雌激素血症被认为可以引起原位子宫内膜病变。
与没有子宫内膜异位症的女性相比，子宫内膜异位症患者的原位子宫内膜的变化：据研究子宫内膜异位症患者对原位子宫内膜有不同的受损，比如神经纤维密度较高、表皮生长因子系统表达的定量和定性差异、蛋白质组改变显示明显的失调。目前研究人员打算通过子宫内膜采样，将内膜的特征性变化列表作为诊断子宫内膜异位症的生物标志物，这是一种前瞻性的诊断方法，有很大研究潜力。
研究人员一致认为，全球子宫内膜异位症女性的原位子宫内膜总体上呈现出增殖和血管生成增多的趋势。可归纳为两大类：孕激素抵抗和子宫内膜炎性损害。
孕激素抵抗是一个非常有趣的发现。子宫内膜异位症女性的原位子宫内膜不能正确表达激素受体，即使在功能正常的卵巢中也是如此。这一方面正在将疾病的模式从雌激素依赖性疾病转变为孕酮抵抗问题。子宫内膜异位症作为一种慢性炎症性疾病，影响原位子宫内膜，即便在正常排卵的患者中也是如此。腔镜医师可以在不同阶段使用宫腔镜诊断这种病损。在内膜受损炎症参数中：促炎细胞因子的过度表达;与没有这种疾病的女性相比，抗子宫内膜细胞的自身抗体以及一些子宫内膜免疫细胞的异常行为具有明显的促炎症倾向。
