北京妇产医院创建于1959年6月，其前身是直属中央卫生部的北京市立妇幼保健实验院，我国著名妇产科专家林巧稚担任医院首任院长。1983年被世界卫生组织（WHO）批准为围产保健研究和培训合作中心，1998年更名为母婴和妇女保健研究及培训中心，1992年成为我国首批符合国际标准的爱婴医院之一，1994年被首都医科大学批准为首都医科大学附属北京妇产医院，同年建立了妇产科学硕士研究生培养点，2000年成为首都医科大学妇产医学院。2002年6月由北京市政府投资兴建的集北京妇产医院、北京市妇女保健所、北京市儿童保健所、北京市计划生育技术研究指导所功能为一体的东院区在朝阳区姚家园路落成。医院随之更名为首都医科大学附属北京妇产医院北京妇幼保健院。从此为一院两址。

经过62年的建设，医院已从建院当年的产科、妇科两个临床科室，发展为有围产医学部、新生儿科、母胎医学科、产前诊断中心、妇科、妇科微创中心、妇科肿瘤科、计划生育科、生殖医学科、内分泌科、中医科、放射科、超声科、检验科、围产保健管理科、新生儿疾病筛查管理科、妇女保健科等30多个医疗、医技、保健科室的三级甲等妇产专科医院。