医院设有产科、妇科、新生儿科、胎儿医学科、辅助生殖医学科、计划生育科、乳腺科、手术麻醉科、生殖免疫科、宫颈科、中西医结合科、妇幼保健部、放射治疗科、超声科、病理科、放射科、检验科、药剂科等临床和医技科室。拥有“卫生部四级妇科内镜诊疗技术培训基地” 、“上海市危重新生儿会诊抢救中心”、“上海市产前诊断中心”。设有上海市母胎医学与妇科肿瘤研究所，上海市母胎医学重点实验室，同济大学医学院转化医学研究中心、母胎医学研究所、妇科肿瘤研究所以及妇婴健康科学中心。建有先进的妇产科专科临床模拟实训中心，授牌“上海市妇产科保健与临床基地”、“上海市妇产科临床培训与实训中心”。在围产保健、产前诊断、疑难孕产妇诊治、早产儿救治、不孕不育诊治、妇科微创、妇科肿瘤综合治疗、妇科泌尿和盆底重建诊疗领域处于先进水平。2020年，医院分娩量2.5万余例，门急诊人次逾152万人次，出院人次5.9万人次，住院手术量5.5万例。